Il samurai è un romanzo ambientato in Giappone all'inizio del XVII secolo. Nonostante la sua posizione geografica agli estremi confini dell'Oriente, nei primi anni del 1600 il Giappone rischiò di essere inghiottito dal vortice complesso e pericoloso della politica internazionale. Le nazioni europee - in primo luogo l'Inghilterra e l'Olanda, protestanti, e il Portogallo e la Spagna, cattoliche - si battevano per estendere la loro influenza in Asia, fondando colonie in ogni angolo del Sud-Est asiatico, costruendo navi per incrementare i commerci e scontrandosi nei mari dell'Asia. Questi conflitti non si limitavano a battaglie politiche o commerciali, ma includevano anche le dispute religiose tra cattolici e protestanti.
Investito dall'uragano, il Giappone avvertì il bisogno di difendersi. Il sovrano giapponese Tokugawa leyasu cercò con ogni mezzo di proteggerlo dalle invasioni delle varie nazioni europee, e in particolare individuò, nell'opera dei missionari cattolici, una sorta di avanguardia dei conquistatori che sarebbero arrivati in seguito.
La sua politica, tuttavia, non si limitò alla pacificazione interna. Con l'intento di creare un Giappone capace di resistere alle invadenti potenze straniere, decise di entrare anch'egli nel conflitto militare-commerciale che si combatteva nelle acque dell'Oceano Pacifico, coinvolgendo in questo suo disegno quattro samurai dì rango inferiore - vassalli del più potente daimyo delle province nordorientali - e un ambizioso sacerdote spagnolo, inviati in ambasceria presso il Papa di Roma. Se questo è il contesto storico che fa da sfondo alla vicenda del romanzo, Elìdo - grande scrittore cattolico - però ci avverte, fin dalla Prefazione, che esso costituisce in verità Io spunto per esplorare il modo misterioso in cui i disegni e le vicende umane si intrecciano e interagiscono con le vie e i disegni divini, che sempre interrogano in modo diretto gli abissi del cuore umano, mostrandogli - al di là della sconfìtta e della perdita terrene - la redenzione che viene dalla Croce.
Così la storia di questo singolare gruppo di personaggi - tre samurai Giapponesi risucchiati dalla vita di tutti i giorni nel vortice della grande politica, e un frate francescano dal temperamento ardente, che oscilla tra fede m Cristo e volontà di potenza - si concluderà tragicamente con il martirio. Nella sconfitta, ciascuno troverà la risposta nel fondo del proprio cuore.